SRS en Chile: los tres frentes donde la investigación busca alternativas al antibiótico

Detalles adicionales del estudio principal

Campo	Detalle
Título	Free-living amoebae and their role in Piscirickettsia salmonis transmission in Chilean Salmon aquaculture: insights from in vitro and in vivo studies
Autores	Fernando A. Gómez, Bruno Milesi, Sergio H. Marshall
Institución	Laboratorio de Genética e Inmunología Molecular, Facultad de Ciencias, Instituto de Biología, Pontificia Universidad Católica de Valparaíso
Revista	Frontiers in Microbiology, 6 de enero de 2026. Acceso abierto, revisado por pares
Tipo de estudio	Original, con ensayos in vitro de cinética de infección y un desafío in vivo controlado
Muestra	Dos especies de amebas de vida libre, línea celular SHK-1 de macrófagos de salmón, y 80 smolts de Salmo salar de 37,5 g promedio en cuatro grupos experimentales
Financiamiento	Programa para la Gestión Sanitaria en la Acuicultura (PGSA), proyecto FIE-V014, y ANID FONDECYT 1231323
Conflictos de interés	Ninguno declarado
Uso de IA	Declarado por los autores, restringido a revisión gramatical del texto en inglés
DOI	10.3389/fmicb.2025.1711258

Por qué SRS concentra casi todo el antibiótico del sector

Los datos oficiales del año 2025 permiten dimensionar el problema con precisión. Durante ese año la industria salmonera chilena utilizó 415,4 toneladas de principio activo antimicrobiano, un aumento de 18,3% respecto de las 351,1 toneladas de 2024. El Índice de Consumo de Antimicrobianos nacional se situó en 0,036%, equivalente a 360 gramos de principio activo por tonelada producida, con un alza de 5,88% que SERNAPESCA atribuye principalmente al crecimiento de 17% en la biomasa cultivada.

La distribución de ese consumo es lo que define el problema. El 97,51% del uso de antimicrobianos se asocia al control de piscirickettsiosis, y el 97,57% del volumen corresponde a un solo principio activo, el florfenicol, seguido a mucha distancia por oxitetraciclina, tiamulina y doxiciclina. El 98,83% se administra en fase de mar. La piscirickettsiosis se mantiene como la principal causa de mortalidad del salmón del Atlántico en la etapa de engorda.

El contraste con el otro gran desafío sanitario del sector es lo que hace visible el problema de fondo. En el mismo período, el Índice de Consumo de Antiparasitarios cayó 41,26%, impulsado por un crecimiento de 36,1% en tratamientos no farmacológicos por inmersión. Frente a la caligidosis, el sector encontró vías de control que no dependen del fármaco. Frente a SRS, no.

Existe evidencia de que el margen de mejora es real. El programa voluntario PROA-Salmón, que certifica ciclos que optimizan o prescinden del uso de antimicrobianos, mostró en su medición previa que los ciclos certificados alcanzaron un consumo promedio de 18,92 gramos por tonelada, frente a 302,33 gramos por tonelada del promedio general de ciclos cerrados en mar. Es una reducción superior al 90%, lograda con manejo. La pregunta que la investigación reciente intenta responder es qué falta para que esa reducción sea generalizable y no dependa exclusivamente de las condiciones de cada centro.

El problema de base: un patógeno intracelular con reservorio desconocido

Piscirickettsia salmonis es una bacteria gramnegativa intracelular facultativa, responsable de tasas de mortalidad que en la literatura se han reportado hasta 52,2%. Su capacidad de sobrevivir dentro de las células del hospedador complica el control, porque limita la exposición del patógeno tanto al sistema inmune como al antimicrobiano.

Tres características biológicas explican por qué ha resistido décadas de intentos de control.

La primera es su maquinaria de supervivencia intracelular. La bacteria posee un sistema de secreción tipo IV-B, denominado Dot/Icm, que resulta esencial para replicarse dentro de los macrófagos del pez. Es el mismo tipo de sistema que utiliza Legionella pneumophila para persistir en ambientes acuáticos, una analogía que resultará relevante más adelante.

La segunda es su capacidad de formar biofilm. Trabajos de 2020 documentaron que P. salmonis desarrolla biofilms maduros y resistentes sobre superficies inertes expuestas a agua de mar, estructuras que permanecen estables bajo estrés ambiental e incluso en presencia de mucus de piel de salmón.

La tercera es su diversificación genética continua. Un trabajo publicado en ISME Journal documentó que el patógeno se diversifica a nivel global mediante aislamiento genético y ráfagas de transposición, lo que complica tanto el desarrollo de vacunas como la interpretación de resultados diagnósticos. A esto se suma que en Chile circulan de forma simultánea al menos dos genogrupos, LF-89-like y EM-90-like, con casos documentados de coinfección en un mismo centro.

Sobre todo esto se monta el vacío que los autores del estudio ancla identifican como central: los peces que ingresan al mar provienen de pisciculturas certificadas libres del patógeno, y sin embargo los brotes aparecen de forma sistemática, con frecuencia cerca de la cosecha. La liberación de bacterias desde peces infectados no explica por sí sola la magnitud de esos brotes. Debe existir una fuente ambiental de infección primaria que hasta ahora permanecía sin identificar.

Frente 1, transmisión: las amebas de vida libre como reservorio

Las amebas de vida libre son protozoos ubicuos capaces de sobrevivir en condiciones extremas de pH, temperatura, presión osmótica y disponibilidad de nutrientes. Alternan entre trofozoíto, la forma metabólicamente activa, y quiste, una forma latente y resistente inducida bajo condiciones adversas. Se alimentan fagocitando bacterias, que quedan encerradas en fagolisosomas y sometidas a estrés oxidativo, enzimas hidrolíticas y acidificación.

Un subconjunto de bacterias, conocidas como resistentes a amebas, sobrevive e incluso se replica dentro de ellas. Es el caso documentado de Legionella pneumophila y Vibrio cholerae, ambas capaces de multiplicarse dentro de Acanthamoeba castellanii. La hipótesis del estudio fue que P. salmonis podría estar haciendo lo mismo.

Lo que encontraron in vitro. Trabajando con A. castellanii y con Vannella sp., dos especies asociadas a poblaciones de salmón, demostraron mediante inmunofluorescencia y qPCR que P. salmonis es internalizada, se replica y es liberada por ambas. Durante ese proceso la bacteria sobreexpresa hasta cien veces el gen dotB, componente del sistema Dot/Icm. No se limita a tolerar el ambiente intracelular de la ameba: activa la misma maquinaria que usa para replicarse dentro del macrófago del pez.

Las dos especies se comportaron de forma distinta. Vannella sp. sufrió lisis celular a partir de las 72 horas, lo que sugiere una infección productiva. A. castellanii, en cambio, mantuvo la bacteria de forma estable durante al menos 168 horas, siete días, sin lisis, como muestra la imagen anterior. Esa diferencia importa: una relación estable es la que permite a un reservorio persistir en el tiempo.

El hallazgo de campo. Los investigadores aislaron Vannella sp. desde branquias de salmones con signos de amebiasis branquial, en un centro de la Región de Los Lagos que cursaba un brote activo de SRS. Al analizar esas amebas, que nunca fueron expuestas experimentalmente al patógeno, detectaron P. salmonis en su interior mediante inmunofluorescencia y qPCR. La carga era baja, pero suficiente para ser detectada por ambas técnicas.

Un detalle metodológico refuerza el punto. Al intentar obtener cultivos puros de esas amebas, los antibióticos convencionales resultaron ineficaces. Solo imipenem logró eliminar las bacterias del medio extracelular, pero 48 horas después de retirar el antibiótico el crecimiento bacteriano reapareció. La interpretación de los autores es que las bacterias estaban protegidas dentro de las vacuolas digestivas de la ameba, fuera del alcance del antimicrobiano.

El ensayo de transmisión. In vitro, células SHK-1, derivadas de riñón anterior de Salmo salar y con comportamiento tipo macrófago, fueron desafiadas con amebas previamente infectadas. A las 72 horas apareció el efecto citopático característico de P. salmonis, con células redondeadas y vacuoladas, y se detectó bacteria libre en el sobrenadante.

In vivo, el diseño es importante para interpretar el resultado. Solo el grupo control positivo recibió inyección intraperitoneal. Los grupos experimentales fueron expuestos por inmersión durante tres horas a agua conteniendo Vannella sp. previamente infectada, un escenario más cercano a la exposición natural. En esos peces se detectó P. salmonis en hígado durante al menos 31 días, alcanzando un máximo del orden de 10⁶ bacterias en tejido y superando al control a partir del día 21.

Los límites que los propios autores declaran. No hubo mortalidad en los peces expuestos vía ameba. Solo se observaron signos típicos de SRS en el hígado extraído. Los autores interpretan esto como compatible con una infección de baja dosis o subclínica, y son explícitos: la detección de ADN bacteriano en hígado confirma infección sistémica, pero estos hallazgos demuestran viabilidad del patógeno más que transmisión horizontal confirmada. Añaden que sus resultados no constituyen evidencia directa de transmisión horizontal en condiciones marinas naturales, y que se requiere validación mediante ensayos de cohabitación, muestreos de campo y monitoreo epidemiológico para determinar si las amebas actúan como vectores genuinos o solo como hospedadores ambientales transitorios.

Frente 2, diagnóstico temprano: el mobiloma como firma molecular

El segundo vacío es de oportunidad diagnóstica. Cuando el cuadro clínico de SRS se hace evidente, la infección ya está establecida y el tratamiento antimicrobiano se aplica sobre una población comprometida. Detectar antes cambiaría la ecuación.

Un grupo de la Universidad de Santiago de Chile abordó el problema desde un ángulo poco explorado. La investigación sobre respuesta del salmón a la piscirickettsiosis se ha concentrado históricamente en genes codificantes de proteínas, que representan una fracción menor del genoma. El equipo dirigió su atención al conjunto de elementos transponibles, secuencias móviles de ADN que constituyen alrededor del 54% del genoma del salmón y que durante décadas fueron catalogadas como material sin función.

Los hallazgos, publicados bajo el título “Differential activation and gene-coupled transcriptional dynamics of transposable elements during Piscirickettsiosis in Atlantic salmon”, describen un panorama distinto:

• Durante la infección se activan más de 4.500 elementos transponibles, en un patrón organizado y no aleatorio, vinculados principalmente a funciones inmunes y metabólicas.
• Destacan familias específicas de transposones de ADN tipo TcMar-like, cuya activación aparece sincronizada con genes clave de metabolismo e inmunidad, en una relación de co-expresión positiva.
• Las regiones activadas están densamente pobladas de sitios de unión para factores de transcripción inmunes.
• El 84% de los elementos transponibles aumenta su actividad en peces infectados, generando una firma molecular que distingue individuos sanos de enfermos.

La proyección aplicada que plantea el grupo es doble. Por un lado, dado que estos elementos son sensibles a las primeras señales de estrés celular, podrían activarse antes de que aparezca signología clínica, lo que habilitaría herramientas de diagnóstico temprano. Por otro, en programas de mejoramiento genético el criterio dejaría de ser únicamente si el pez porta el gen de defensa, y pasaría a incluir si dispone del mecanismo de activación adecuado para encenderlo a tiempo.

Corresponde precisar el estado real de esta evidencia, porque la cobertura especializada le ha dado un tratamiento más concluyente que el que los propios autores adoptan. El trabajo se basa en análisis de correlación, y los autores señalan expresamente que no es posible inferir relaciones regulatorias causales únicamente a partir de ese tipo de análisis. Presentan su aporte como un marco cuantitativo para investigar la dinámica del mobiloma durante interacciones huésped-patógeno en salmónidos, no como una herramienta diagnóstica disponible. La validación en condiciones productivas es, según el propio equipo, el paso pendiente.

Frente 3, alternativas terapéuticas y respuesta inmune celular

El tercer frente aborda directamente la dependencia del florfenicol. Tres líneas de trabajo publicadas durante 2026 avanzan en direcciones distintas.

Quitosano sulfatado. El quitosano es un biopolímero natural derivado de la quitina, reconocido por su biocompatibilidad, biodegradabilidad y baja toxicidad, características que lo hacen atractivo desde una perspectiva ambiental y regulatoria. Un trabajo de 2026 evaluó quitosano comercial y quitosano sulfatado frente a cultivos de P. salmonis cepa LF-89, y reportó que la versión sulfatada provoca distintos tipos de daño a la bacteria y actúa sobre su capacidad de formar biofilms. Ese último punto es relevante considerando el rol documentado del biofilm en la persistencia ambiental del patógeno.

Péptidos antimicrobianos. La línea de trabajo en péptidos parte de una diferencia mecanística respecto de los antibióticos convencionales: no dependen de bloquear una única proteína intracelular. Esa característica reduce la presión selectiva hacia mecanismos de resistencia basados en la modificación de un blanco específico, que es la vía habitual por la que un patógeno escapa a un antimicrobiano.

Respuesta citotóxica mediada por linfocitos CD8+. Un estudio publicado en Frontiers in Immunology por un grupo de la Universidad de Santiago de Chile, en colaboración con la Universidad de Waterloo, aporta la primera evidencia funcional de que el salmón del Atlántico monta una respuesta citotóxica antígeno-específica dependiente de linfocitos T CD8+ frente a P. salmonis.

El hallazgo tiene implicancia directa para el diseño vacunal. P. salmonis sobrevive dentro de los macrófagos, lo que dificulta su eliminación por mecanismos que dependen de anticuerpos circulantes. Una respuesta citotóxica mediada por células puede alcanzar a la bacteria en ese nicho intracelular. Los autores plantean la inmunidad mediada por células como componente crítico de la defensa del hospedador y como vía prometedora para el desarrollo de vacunas, un enfoque distinto al que privilegian las formulaciones actuales.

A estas tres líneas se suma un avance de orden metodológico. Un trabajo de 2026 estableció una plataforma genética para P. salmonis combinando interferencia por CRISPR, integración cromosómica sitio-específica y expresión heteróloga de genes. El patógeno ha permanecido pobremente caracterizado a nivel funcional en buena medida por limitaciones de manipulación genética, y disponer de estas herramientas amplía lo que es posible investigar sobre su biología.

Qué falta para que esto llegue a terreno

Los tres frentes comparten un mismo estado de madurez: resultados sólidos en condiciones controladas, y validación en condiciones productivas pendiente.

En el caso de las amebas, los autores enumeran con precisión lo que falta: ensayos de cohabitación, muestreos de campo y monitoreo epidemiológico que permitan establecer si se trata de vectores genuinos o de hospedadores transitorios. La ausencia de mortalidad en el ensayo in vivo, siendo consistente con una infección subclínica de baja dosis, deja abierta la pregunta sobre la magnitud real de la contribución de esta vía a los brotes de campo.

En el caso del mobiloma, el paso siguiente declarado es la validación bajo condiciones productivas, junto con el desarrollo de dietas funcionales o aditivos capaces de modular la activación de estos elementos a nivel epigenético.

En alternativas terapéuticas, los resultados de quitosano y péptidos provienen de ensayos in vitro sobre cultivos bacterianos, y el trayecto hasta un producto aplicable en terreno incluye evaluación de eficacia in vivo, seguridad, estabilidad en la matriz de alimento y registro regulatorio.

Interpretación Evidencia Vet

El contraste entre la trayectoria de los antiparasitarios y la de los antimicrobianos en Chile es el dato que mejor ordena esta discusión. En caligidosis, la caída de 41,26% en el índice de consumo durante un solo año no ocurrió porque apareciera un fármaco mejor, sino porque se consolidaron alternativas no farmacológicas de manejo. En piscirickettsiosis esa transición no ha ocurrido, y la razón que emerge de la literatura reciente es que faltan piezas del problema que en caligidosis sí estaban resueltas: dónde está el agente cuando no está en el pez, y cómo detectarlo antes de que el cuadro se exprese.

Vale la pena precisar el peso de la evidencia sobre las amebas. Lo demostrado es que P. salmonis sobrevive, se replica y activa su maquinaria de virulencia dentro de dos especies de amebas, que amebas aisladas de branquias en un centro con brote activo contenían el patógeno de forma natural, y que peces expuestos por inmersión a amebas infectadas desarrollaron infección hepática sostenida por más de un mes. Lo que no está demostrado es que esa vía explique los brotes de campo, ni su contribución relativa frente a otras rutas de transmisión. Los autores lo declaran con claridad, y esa distinción debe preservarse al trasladar el hallazgo a decisiones de manejo.

Sobre el mobiloma corresponde una precisión equivalente. La firma molecular descrita distingue peces infectados de sanos con un patrón consistente, pero se construyó sobre análisis de correlación, y los propios autores descartan inferir causalidad a partir de ellos. Entre un marco cuantitativo para investigar y una herramienta de diagnóstico temprano validada hay una distancia que la comunicación pública del hallazgo ha tendido a comprimir.

El punto de convergencia de los tres frentes es que todos apuntan al mismo lugar: reducir la exposición del patógeno a la presión antimicrobiana, ya sea cortando la fuente ambiental, adelantando la intervención, o reemplazando el mecanismo de acción. Que el 97,51% del uso de antimicrobianos del sector dependa de una sola enfermedad, y el 97,57% del volumen de un solo principio activo, describe una concentración de riesgo que la propia evidencia de diversificación genética del patógeno vuelve difícil de sostener indefinidamente.

Conclusión

La piscirickettsiosis mantiene una posición singular en la sanidad acuícola chilena: concentra casi la totalidad del consumo de antimicrobianos del sector y sigue siendo la principal causa de mortalidad del salmón del Atlántico en engorda, pese a décadas de investigación y de programas de control. Lo que aporta la producción científica de 2026 no es una solución, sino una mejor definición del problema. La identificación de amebas de vida libre como posible reservorio ambiental ofrece una explicación plausible para las reinfecciones de peces provenientes de pisciculturas certificadas. La caracterización de una firma molecular asociada a la infección abre una vía hacia la detección anticipada. Y los avances en péptidos, quitosano y en la comprensión de la respuesta citotóxica celular amplían el abanico de estrategias más allá del florfenicol. Los tres frentes comparten el mismo estado: evidencia consistente en condiciones controladas y validación en terreno pendiente. Reconocer con precisión esa distancia es parte de evaluar correctamente lo que viene.

Puntos clave

• El 97,51% del uso de antimicrobianos de la salmonicultura chilena se asocia a piscirickettsiosis, y el 97,57% del volumen corresponde a florfenicol.
• Durante 2025 se utilizaron 415,4 toneladas de principio activo, un 18,3% más que en 2024, con un índice de consumo de 360 gramos por tonelada producida.
• En el mismo período el uso de antiparasitarios cayó 41,26%, impulsado por tratamientos no farmacológicos que crecieron 36,1%. En SRS esa transición no ha ocurrido.
• Los ciclos certificados por PROA-Salmón alcanzaron 18,92 gramos por tonelada frente a 302,33 del promedio general, una reducción superior al 90% lograda con manejo.
• P. salmonis sobrevive, se replica y sobreexpresa hasta cien veces el gen dotB de su sistema de secreción Dot/Icm dentro de dos especies de amebas de vida libre.
• Amebas Vannella sp. aisladas de branquias de salmones en un centro con brote activo contenían el patógeno de forma natural, sin exposición experimental.
• Peces expuestos por inmersión a amebas infectadas mantuvieron la bacteria en hígado por al menos 31 días, sin mortalidad asociada. Los autores señalan que esto demuestra viabilidad, no transmisión horizontal confirmada.
• Durante la infección se activan más de 4.500 elementos transponibles del genoma del salmón, y el 84% aumenta su actividad en peces infectados, generando una firma molecular que distingue sanos de enfermos.
• Los autores del trabajo sobre mobiloma precisan que no es posible inferir causalidad desde análisis de correlación, y presentan su aporte como marco de investigación, no como herramienta diagnóstica validada.
• Se documentó la primera evidencia funcional de respuesta citotóxica mediada por linfocitos CD8+ frente a P. salmonis en salmón del Atlántico, relevante para el diseño de vacunas frente a un patógeno intracelular.

Referencias

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3. Differential activation and gene-coupled transcriptional dynamics of transposable elements during Piscirickettsiosis in Atlantic salmon. 2026. Universidad de Santiago de Chile.

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11. Servicio Nacional de Pesca y Acuicultura. Informe sobre uso de antimicrobianos y antiparasitarios en la salmonicultura nacional, año 2025. Santiago, Chile, 2026.

12. Servicio Nacional de Pesca y Acuicultura. Informe de situación sanitaria de la salmonicultura, año 2025. Santiago, Chile, 2026.

¿Qué significa esto en terreno?

• Considerar la amebiasis branquial no solo como cuadro respiratorio, sino como un hallazgo que puede coincidir con la presencia de P. salmonis en el mismo tejido, dado el aislamiento documentado de amebas branquiales portadoras del patógeno.
• Al evaluar procedimientos de desinfección de estructuras y equipos, tener presente que la persistencia de P. salmonis en biofilm y potencialmente dentro de protozoos plantea condiciones distintas a las de una bacteria en estado planctónico.
• Interpretar los resultados de PROA-Salmón como referencia de lo alcanzable: reducciones superiores al 90% respecto del promedio general se lograron con optimización de manejo, no con un fármaco nuevo.
• Al analizar propuestas comerciales de aditivos o dietas funcionales orientadas a modulación inmune frente a SRS, distinguir entre las que presentan evidencia de desafío in vivo y las que se apoyan solo en resultados in vitro sobre cultivo bacteriano.
• Tener presente la circulación simultánea de genogrupos LF-89-like y EM-90-like, y la posibilidad de coinfección en un mismo centro, al interpretar resultados diagnósticos y respuesta a tratamiento.
• Seguir el desarrollo de las herramientas de diagnóstico temprano basadas en firma molecular como una línea en validación, no como una alternativa disponible a los métodos actuales.